Colombia es uno de los países conocidos como mega diversos por la magnitud de su biodiversidad. Ocupa el tercer lugar en especies vivas y el segundo lugar en especies de aves. En cuanto a flora, el país posee entre 40.000 y 45.000 especies de plantas, lo que equivale al 10 o 20% del total de especies de plantas a nivel mundial, considerado muy alto para un país de tamaño intermedio. Solo en flores, Colombia tiene más de 50 mil especies.
Colombia, al ser un país del trópico ubicado en la zona del Ecuador tiene una gran representación de grupos taxonómicos en fauna y flora típica del área a la que se suman variedades de migraciones de fauna desde distintas partes del planeta por la variedad de ecosistemas.
El vertebrado más venenoso del mundo, la rana Phyllobates terribilis, es también una de las especies endémicas de Colombia.
El ave nacional es el Cóndor de los Andes (que aparece en el escudo de Colombia); la orquídea Cattleya trianae es la flor nacional de Colombia y la Palma de cera del Quindío es el árbol nacional.
Colombia tiene un «Sistema Nacional de Áreas Protegidas» (SINAP) administrado por el Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial. Tiene también un «Sistema de Parques Nacionales», dependiente de la Dirección de Parques Nacionales Naturales que comprende más del 10% del territorio continental (en 2007) y cuenta con 55 áreas naturales protegidas, que son muestra de la gran riqueza y biodiversidad del país. Veinticinco se encuentran en la Región Andina (dos en el Nudo de los Pastos, cuatro en la Cordillera Occidental, seis en la Central, y trece en la Oriental), nueve en la Región Caribe, dos en la Orinoquía, diez en la Amazonía, cinco en la Costa Pacífica, y tres en la Islas. Las áreas se encuentran clasificadas en: Parques Naturales (41), Santuarios de Fauna y Flora (10), Reservas Nacionales (2), Vía Parque (1) y Área Natural Única (1).
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